최강의 특수군단 ‘지.아이.조’ vs 강력한 테러리스트 군단 ‘코브라’ 실패를 모르는 불패 군단의 격돌이 시작된다! 타고난 재능과 강인한 결단력을 지닌 특수부대 대위 ‘듀크’. 가공할 파괴력의 최첨단 무기를 운반하는 임무 중 정체불명의 공격으로 팀원들을 모두 잃는다. 무기를 노리고 공격을 해온 이들은 인류를 위협하는 테러리스트 군단 ‘코브라’. 치명적인 매력으로 일급 기밀을 손에 넣어 전세계를 파괴하려는 ‘코브라’의 계획에 앞장선 ‘배로니스’와 선과 악의 구분 없이 주어진 임무만을 수행하는 비밀 병기 ‘스톰 쉐도우’가 속한 ‘코브라’ 군단에 맞서기 위해 전세계 최정예 엘리트 멤버들만이 모인 특수군단 ‘지.아이.조’가 투입되고, ‘듀크’ 역시 이에 합류한다. 그리고, 이집트 사막부터 극지의 빙하에 이르기까지 불가능도 실패도 없는 두 군단 ‘지.아이.조’와 ‘코브라’의 격돌이 시작되는데… What is ‘G. I. Joe’? G. I. Joe : Global Integrated Joint Operating Entity -> 근 미래, 세계의 평화와 치안을 담당하는 국제 연합 특수 군단. 전세계 최정예 엘리트로 구성된 모두가 실패해도 언제나 성공만을 이끌어온 불패(不敗)의 최강 특수 군단이다.

뉴욕 맨해튼 중심에서 벌어진 경찰 연쇄 살해 사건, 범인을 잡기 위해 베테랑 경찰 ‘데이비스’는 극단의 조치를 취한다. “지금부터 뉴욕 맨해튼의 모든 출구를 전면 봉쇄한다” 주어진 시간은 단 3시간! 모든 수단과 방법을 동원해 놈들을 잡아야 한다. 채드윅 보스만, 그의 가장 강렬한 마지막 추격이 시작된다!

전미를 뒤흔든 충격적 살인사건, 그날의 미스터리가 밝혀진다! 레슬링 선수 마크 슐츠(채닝 테이텀)는 금메달리스트이자 국민적 영웅인 친형 데이브 슐츠(마크 러팔로)의 후광에 가려 변변치 않은 삶을 살고 있다. 그런 그에게 미국 굴지 재벌가의 상속인인 존 듀폰(스티브 카렐)이 서울 올림픽을 준비하는 자신의 레슬링팀, ‘폭스캐처’에 합류해 달라고 제안한다. 선수로서 다시 없을 기회라고 생각한 마크는 생애 처음으로 형의 그림자에서 벗어나 파격적인 대우를 받으며 폭스캐처 팀에 합류하고 존 듀폰을 코치이자 아버지처럼 따르며 훈련에 매진한다. 하지만 기이한 성격을 지닌 존의 예측불가능한 행동으로 둘 사이에는 점차 균열이 생기고 존이 마크의 형인 데이브를 폭스캐처의 코치로 새롭게 초청하면서 세 사람은 전혀 예상치 못한 비극으로 치닫기 시작한다.